做B超检查大部分情况下，病人不会有疼痛感。B超检查可分为经腹部B超检查以及经直肠、经阴道、经食道等腔内超声检查。
经腔内超声检查，可以致患者轻微的疼痛。当存在狭窄，例如肛门狭窄或者直肠狭窄、食道狭窄情况时，经腔内超声检查会致患者疼痛，但通常可以忍受。而其他条件使得超声检查通常安全、有效、重复性强，是可靠的诊断手段。
做B超前可以喝水，但是要在排除急性胃炎和急性胰腺炎的情况下实施。如果存在急性胰腺炎的情况，则要禁食、禁水。
B超前喝水存在两个目的，一个是使胃充盈，从而将胃作为一个透声窗。二，将膀胱充盈，从而将膀胱作为一个透声窗。但是在有些情况下，则必须要求做B照之前喝水，例如有时为了更好的显示胰腺，特别是胰尾部的病变时，需要喝水充盈胃。还有如果需要检查胃病的情况，也需要喝水或者是喝一定的造影剂。
膀胱充盈的目的，则是为了更好的显示膀胱结构、前列腺结构，还有子宫附件的结构。孕早期也需要喝水充盈膀胱，来实现孕早期的检查。充盈膀胱后，前列腺、子宫、附件，因为有膀胱这个透声窗，所以能够使病变更好的在超声图像上呈现。