任何影像学检查手段，都可能误诊疾病，阴道超声检查也不例外。尽管阴道超声检查具备很多优势，例如能够更好显示脏器的二维结构、脏器的血流情况分布，以及脏器之间的对比关系等等。但是由于疾病是五花八门的，病理类型也不相同。
有些不同病理类型的，在超声下会表现为同样的声像图改变，这就为阴道超声诊断带来了难度。所以，要100%确诊疾病是不可能的，阴道超声也不能100%确诊疾病。
目前随着超声诊断技术的进步，以及超声仪器的不断发展，阴道超声应用越来越广泛，诊断率也越来越高，正逐渐得到广大患者的认可，得到了普及。
阴道超声检查一般不会致患者产生不适感，偶尔会有轻微的不适感，这也是阴道超声检查得以广泛开展的原因。阴道超声检查通常只针对有性生活的妇女，有些患者会在检查前产生恐惧感，医生会采取一定的办法让患者放松，所以不必过于担心。
但有些疾病状态下，例如盆腔炎症、宫外孕破裂，经阴道超声检查，因为探头触碰到了宫颈，会导致患者疼痛，但都能够接受。为了疾病诊断的需要，这种疼痛是可以耐受的。
经阴道超声检查是目前妇科检查中最主要的方式，所有的措施都安全有效，患者不必过于担心。