胚胎停育多数不能找到病因，有些和胚胎本身发育异常有关，如染色体异常等。 胚胎停育有的时候还和母亲本身的疾病有关，如子宫畸形如纵隔子宫或宫腔病变如子宫黏膜下肌瘤和宫腔息肉。
有时候女性本身免疫性疾病还可能导致胚胎停育如抗磷脂综合征和系统性红斑狼疮等，因此通常单次胚胎停育不需要找病因，是概率问题。
停孕有很多原因，需要结合个体情况具体分析，具体有以下几点：
1，母体因素
妊娠时，孕妇若被多种病原体（如支原体，衣原体，寄生虫，细菌和病毒）所感染，其进入宫腔后给胚胎组织带来不同程度的损伤，会导致胚胎停育。 当孕妇发生甲状腺功能减退症，甲状腺功能亢进症，高泌乳素血症，黄体功能不全或其他内分泌疾病，均可影响胚胎生长发育并可引起胚胎停育。 孕妇如有子宫发育异常，子宫肌瘤，重度营养不良，妊娠并发糖尿病，妊高症，重度贫血，病毒性肝炎及多种器质性疾病时，还可导致胚胎生长发育不良甚至胚胎停育。
2、精子因素
男性患者若有精子发育异常和精子不成熟等情况，则可影响胚胎的生长和发育，并可造成胚胎停育。
3、胚胎因素
胚胎中染色体若发生结构异常和数目异常就会使胚胎发育不正常，易造成胚胎停育。
4、环境因素
导致胚胎停育常见环境因素有：长期受到电离辐射, X线照射，频繁暴露于有毒有害化学物质和重金属物质，长期居住于装修污染环境。
