卵巢巧克力囊肿是可以通过吃药治疗。但是要综合患者的情况，比如患者的生育要求、卵巢巧克力囊肿的大小等，进行综合的判断是否需要药物治疗。如果巧克力囊肿不是很大，直径小于5cm，短期内没有生育的要求，可以用三种药物治疗。
1. 口服短效避孕药。口服避孕药的优点是比较便宜、方便，可以延缓巧克力囊肿的增大，缓解痛经症状。
2. 地诺孕素片。地诺孕素片相对贵一点，但是副作用也会相对会大一点。
3. 打针。打针费用也相对比较贵一点，大概1个月1000多块钱，主要是模拟的一个绝经的状态，但是也有一定的副作用。可能会出现潮热、盗汗、乱发脾气，用久了可能会出现骨量丢失的现象。所以，一般用药时间也不会太长，不能超过半年。
巧克力囊肿一般不可以自己吸收消失。因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的表现，是子宫内膜异位到卵巢引起的巧克力囊肿，因为囊肿里边全是血液，而且它会随月经周期每次都会有出血的发生，所以很难会自行吸收。
所以建议巧克力囊肿需要每半年做一次超声波检测，如果巧克力囊肿持续增大或者是阴道有不规则出血、腹痛现象，这种情况可以选择手术治疗。
如果是未孕女性出现巧克力囊肿不大，也没有明显不适，可以观察，先不要做手术，因为一旦做手术有可能会伤害到卵巢皮质层，减少卵泡发育。