卵巢巧克力囊肿的形成的时间一般3~24个月左右。目前对于卵巢上出现子宫腔的内膜组织的学说很多，但目前仍没有确切的是由哪个因素或哪几个因素引起的。
早期的卵巢上的异位病灶只表现卵巢表面出现红色、紫蓝色或褐色斑点，随月经周期的不断累加，异位在卵巢上的子宫内膜组织开始侵犯卵巢皮质并在其内生长，反复出血导致斑点逐渐增多，从而形成一个小囊肿或多个小囊肿.此其时间一般在3个月到2年左右就形成。在早期的病灶开始因卵巢功能基本正常，当有妊娠的女性早期异位病灶可以自行萎缩。
卵巢巧克力囊肿属于激素依赖性疾病，所以生育期年龄为高发阶段，在此期避免无指征的剖腹产，减少人流手术，减少宫外孕的发生，做好避孕还是可以减少卵巢巧克力的发生率的。
左侧卵巢巧克力囊肿属于相对比较严重的病变，如果治疗不及时会影响生育，引起不孕。
卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位的一种，正常情况下子宫内膜处在子宫腔内，发生异位时容易出现在卵巢。当子宫腔内子宫内膜脱落形成月经时，卵巢内的子宫内膜也会形成月经，但是因为卵巢内的子宫内膜形成月经没有排出的通道，时间长了就会形成卵巢囊肿，同时会引起痛经。
卵巢巧克力囊肿使用药物治疗并不明显，一般会选择通过手术的方法来解决。术后注意切口护理、避免感染、定期复查，预防囊肿复发。