胚胎停育是由胎儿染色体异常引起的，如果只发生一次这是自然现象，无需特殊处理。如果除了染色体异常之外，还停止了多个胚胎，将会有许多其他原因，需要找出原因。
染色体异常也称为染色体发育不全，目前已经确认了100多种类型的染色体综合征。不同染色体异常的可能性不同，可以去常规医院检查夫妻双方染色体。清楚原因后，在医生的指导下及时对症治疗。
发生染色体异常时，通常会导致胎儿不育。不论精子或卵子，只要携带的遗传物质的染色体异常，即使形成受精卵，此时的胚胎通常也不会正常发育。
子宫发育不好也有可能会导致胎停，每个女性子宫发育不良的情况不一样，是否会导致胚胎停止发育，也存在一定的差异性。
如果女性存在纵隔子宫、单角子宫、子宫腺肌症、子宫肌瘤等，就会影响到胚胎的发育，导致胚胎停止发育或者是流产的发生。有一些女性患有纵隔子宫、子宫肌瘤、子宫腺肌症时，可以先进行手术治疗，然后再进行备孕，这样可以降低胎儿停止发育的几率。
胚胎停止发育还与染色体异常、内分泌因素、免疫因素、环境因素、生活因素等有一定的关系。