胚胎停育的并发症有宫内感染、子宫内膜损害、凝血功能障碍等。
1.宫内感染。胚胎停止发育与多种因素都有关系，比如胚胎自身因素、母体因素、环境因素等，如果胚胎停止发育时，未能及时采取相应的处理措施，导致宫腔内的妊娠物停留的时间过长，就容易引发感染，比如腹膜炎、盆腔炎等，从而会出现发热、腹部疼痛、白带增多等不适症状。
2.子宫内膜损害。如果胚胎停止发育之后，因残留物比较多采取清宫手术，在这个过程当中会对子宫内膜造成一定的损害，进而诱发子宫内膜过薄或者是宫腔粘连，导致月经量减少，严重时还会引起不孕不育。
3. 凝血功能障碍。胚胎停止发育之后胎盘组织，可释放出凝血的物质进入血液当中，进而激活母体的凝血系统，导致血管当中出现弥漫性的凝血，致使血液当中的血小板含量降低，从而就会诱发难以控制的大出血。
胚胎停止发育可通过期待治疗、药物治疗、手术治疗等方法处理。
1.期待治疗。胚胎停止发育可能是由胚胎自身的因素、母体因素、环境因素等原因导致。患者可以采取替代治疗，主要是等待妊娠物自然排出，在此期间要定期前往医院完善超声检查，观察妊娠物的排出情况。
2.药物治疗。胚胎停止发育后，还可在医生的指导下口服米索前列醇片、米非司酮片等药物治疗，其主要目的是促进妊娠物排出，防止妊娠物在宫腔内停留的时间过长。
3.手术治疗。胚胎停止发育后，还可给予钳刮术、负压吸引术治疗，前者主要是将妊娠物破坏之后直接钳出，后者是利用负压吸引的方式将妊娠物吸出体外，从而可以达到治愈的目的。